研究领域：基因组学，人体微生物组学，益生菌与药用植物开发利用
                                        招生院系：复旦大学，基础医学院，生物化学与分子生物学
                                                         上海大学，医学院，药学
                                                         上海大学，生命科学学院，生物学
                                                         上海理工大学，健康科学与工程学院，生物医学工程

       郑华军，男，1976年10月出生，博士，研究员，感染与免疫研究所副所长，中国民主同盟盟员；上海乳业生物工程技术研究中心技术委员会委员，BMC Genomics、Microbial Pathogenesis等杂志编委。
       1998年获山东大学微生物学专业理学学士学位，2001年获山东大学微生物学专业理学硕士学位，2010年获复旦大学微生物学专业理学博士学位；2011年8月－2013年8月在国家人类基因组南方研究中心和上海交通大学医学院进行博士后研究。2011年获“上海市青年科技启明星”，2012年获“明治生命科学奖”，2015年获“上海市人才发展基金”资助，2021年获评“泉城学者”。
       2001年8月-2013年12月在上海人类基因组研究中心工作，主要负责基因组测序和生物信息学分析工作，负责构建了细菌基因组、转录组和肠道菌群分析平台。先后参与国际合作黑猩猩22号染色体测序计划、水稻4号染色体测序计划、SARS病毒测序等。参与完成了世界上第一个扁形虫－日本血吸虫的基因组研究，发现1种反转座子可作为血吸虫病患者临床诊断的靶标，相关成果于2009年发表于《Nature》（共同第一作者）；主持完成了中国西部牧区流行的包虫病的病原-细粒棘球绦虫的基因组和转录组研究，为设计开发更高效的包虫病治疗药物提供了理论依据，研究成果发表于2013年的《Nature Genetics》（第一作者），并在2016年度获新疆维吾尔自治区科学技术进步奖一等奖。
       2014年1月进入上海市生物医药技术研究院（原上海市计划生育科学研究所），历任医用食品研究组副组长、组长，生殖生物学研究室主任；主要从事神经精神类疾病（自闭症、抑郁症、老年认知障碍）相关的肠道菌群研究及营养干预技术开发，以及基于高通量测序的诊断技术开发。鉴定了中国自闭症儿童的肠道菌群结构特征及孕期胎盘标志物，验证了益生菌对自闭症、抑郁症的改善效果；开发了对老年认知障碍有改善作用的药用植物配方；证实脓毒症患者二次感染的病原菌来自于肠道菌群移位；发现了用于弧菌分型的新基因mtlA。
       作为课题负责人，先后承担“国家自然科学基金面上项目”、“国家科技重大专项”子课题等国家和上海市课题11项，以第一作者/通讯作者发表SCI论文60余篇，参与编写微生物基因组学专著3部。

代表性论文：
(1) Ming-Jie Li, Jing-Yi Xu, Hua-Yue Zhang, Min Guo, Meng-Ning Lan, Jie Kong, Shi-Wei Liu, Hua-Jun Zheng(*), A medicine and food homology formula prevents cognitive deficits by inhibiting neuroinflammation and oxidative stress via activating AEA-Trpv1-Nrf2 pathway, Inflammopharmacology. 2024.09.21. doi: 10.1007/s10787-024-01570-4. 
(2) Yi-Xiao Wu(#), Ming-Jie Li(#), Yue Liu, Min Guo, Meng-Ning Lan, Hua-Jun Zheng(*), ASPG and DAD1 are potential placental-derived biomarkers for ASD-like symptom severity levels in male/female offspring, Placenta. 2024.08.14; 155:78-87.
(3) Jingyi Xu, Lei Zhou, Zhaowei Chen, Yuezhu Wang, Fang Xu, Qun Kuang, Yixuan Zhang(*), Huajun Zheng(*), Bacillus coagulans and Clostridium butyricum synergistically alleviate depression in a chronic unpredictable mild stress mouse model through altering gut microbiota and prefrontal cortex gene expression, Front. Pharmacol. 2024.05.23; 15:1393874.
(4) Lei Zhou, Danlei Liu, Yongqiang Zhu, Zilong Zhang, Shiwen Chen, Guoping Zhao(*), Huajun Zheng(*), Advance typing of Vibrio parahaemolyticus through the mtlA and aer gene: A high-resolution, cost-effective approach, Heliyon. 2024.02.05;10(3):e25642.
(5) Cheng Liu(#), Ying Zhou(#), Huihui Gao, Zeping Zhang, Yu Zhou, Zifeng Xu, Chenhong Zhang, Zhen Xu, Huajun Zheng(*), Yan-Qing Ma(*), Circulating LPS from gut microbiota leverages stenosis-induced deep vein thrombosis in mice, Thromb J. 2023.06.29; 21(1):71. 
(6) Xiangyu Long(#), Sucheng Mu(#), Jin Zhang(#), Hao Xiang, Wei Wei, Jian Sun, Zhongshu Kuang, Yilin Yang, Yao Chen, Huixin Zhao, Yiming Dong, Jun Yin(*), Huajun Zheng(*), Zhenju Song(*), GLOBAL SIGNATURES OF THE MICROBIOME AND METABOLOME DURING HOSPITALIZATION OF SEPTIC PATIENTS, Shock. 2023.05.01; 59(5):716-724. 
(7) Rong Zou(#), Guohong Shen(#), Yixiao Wu, Min Guo, Jun Chen, Sheng Yang, Hongyang Zhao(*), Huajun Zheng(*), Akkermansia muciniphila plays a neuroprotective role in HMC3 cells through the 'gut-brain' axis, Future Microbiol, 2023.03; 18:255-266.
(8) Yilin Zhang(#), Min Guo(#), Hongfa Zhang, Yuezhu Wang, Ruiying Li, Zhenmin Liu(*), Huajun Zheng(*), Chunping You(*), Lactiplantibacillus plantarum ST-III-fermented milk improves autistic-like behaviors in valproic acid-induced autism spectrum disorder mice by altering gut microbiota, Front Nutr, 2022.11.24, 9:1005308.
(9) Min Guo(#), Ruiying Li(#), Yuezhu Wang(#), Shiyu Ma, Yilin Zhang, Sheng Li, Hongfa Zhang, Zhenmin Liu, Chunping You(*), Huajun Zheng(*), Lactobacillus plantarum ST-III modulates abnormal behavior and gut microbiota in a mouse model of autism spectrum disorder, Physiol Behav, 2022.09.17, 257:113965.
(10) Sucheng Mu(#), Hao Xiang(#), Yuezhu Wang(#), Wei Wei, Xiangyu Long, Yi Han, Zhongshu Kuang, Yilin Yang, Feixiang Xu, Mingming Xue, Zhimin Dong, Chaoyang Tong(*), Huajun Zheng(*), Zhenju Song(*),The pathogens of secondary infection in septic patients share a similar genotype to those that predominate in the gut, Crit Care, 2022.03.24, 26(1):68. 
(11) Xuena La, Hong Jiang(*), An Chen, Huajun Zheng(*), Liandi Shen, Weiyi Chen, Fengyun Yang, Lifeng Zhang, Xushan Cai, Hongfang Mao, Lu Cheng, Profile of the oral microbiota from preconception to the third trimester of pregnancy and its association with oral hygiene practices, J Oral Microbiol, 2022.03.20, 14(1):2053389. 
(12) Ke Yang(#), Yuezhu Wang(#), Shizhou Zhang, Dongsheng Zhang, Lihua Hu, Tengda Zhao(*), Huajun Zheng(*), Oral microbiota analysis of tissue pairs and saliva samples from patients with oral squamous cell carcinoma - a pilot study, Front. Microbiol, 2021.10.12, 12:719601.
(13) Sucheng Mu(#), Jin Zhang(#), Shilin Du(#), Ming Zhu, Wei Wei, Jun Xiang, Jianli Wang, Yi Han, Yingjun Zhao, Huajun Zheng(*), Chaoyang Tong(*), Zhenju Song(*), Gut microbiota modulation and anti-inflammatory properties of Xuanbai Chengqi decoction in septic rats, J Ethnopharmacol, 2021.03.01, 267:113534.
(14) Rong Zou(#), Fenfen Xu(#), Yuezhu Wang(#), Mengmeng Duan, Min Guo, Qiang Zhang, Hongyang Zhao (*), Huajun Zheng (*),Changes in the Gut Microbiota of Children with Autism Spectrum Disorder., Autism Res, 2020.08.24, 13: 1614-1625. 
(15) Rong Zou(#), Yuezhu Wang(#), Mengmeng Duan, Min Guo, Qiang Zhang, Huajun Zheng(*), Dysbiosis of Gut Fungal Microbiota in Children with Autism Spectrum Disorders., J Autism Dev Disord, 2020.05.23, 51(1), 267-275.
(16) Ling Zhang(#), Yuan Liu(#), Hua Jun Zheng(*), Chen Ping Zhang(*), The Oral Microbiota May Have Influence on Oral Cancer., Front Cell Infect Microbiol, 2020.01.15, 9:476.