戴文韬,男,1986年出生,博士,研究员。
2008年6月华东师范大学获生物技术学士学位; 2014年6月中国科学院生物物理研究所获生物信息学博士学位。2014年8月至2022年8月,历任上海生物信息技术研究中心(众信生物)助理研究员,副研究员。2022年9月至2023年12月,任上海市生物医药技术研究院副研究员。2024年1月至今,任上海市生物医药技术研究院研究员。
上海市疾病与健康基因组学重点实验室联合课题组长,复旦大学药理学硕士生导师,上海理工大学生物医学工程硕士生导师。中国生物物理学会生物医学信息分会委员。曾入选上海市青年科技英才扬帆计划和上海产业技术研究院创新先锋计划,获得上海市科技系统青年五四奖章(个人)和优秀共产党员、上海科学院和上海市生物医药技术研究院优秀共产党员等荣誉。
研究方向为生物信息学,转化医学,生物药设计。
发展跨尺度多层次时空组学整合挖掘和生物分子计算所需数据库与分析方法,支持基于转化医学的诊断标志物和药物研发。聚焦转录代谢调控,发展适用于空间代谢多组学整合分析的数据库和计算方法,特别关注多模态学习和脂质代谢相关细分领域;在计算结构生物学领域,发展一系列计算工具,涵盖序列比对,结构预测和分子对接等功能,重点关注蛋白类生物大分子的设计优化;利用自主研发的计算工具,参与解决一系列重要科学问题和标志物及新药研发工作,成果发表在Nature Medicine、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Bioinformatics、Artificial Intelligence in Medicine等杂志。发表SCI论文40余篇,其中第一及通讯作者17篇。作为负责人主持国家自然科学基金、上海市青年科技英才扬帆计划等项目6项。作为子项负责人或骨干参与国家重点研发计划精准医学专项、上海市科委重大项目等5项。
面向药物和标志物研发的产业化需求,开发了一系列原创计算方法,适用于PDX/PDO药敏实验分析、伴随诊断标志物和药靶发现、肿瘤新抗原预测、适应性免疫受体(BCR/TCR)优化等领域;申请发明专利6项(已授权3项),获得软件著作权16项;应用上述成果支持产业界合作伙伴的研发工作,承担横向合作课题4项。
代表性成果:
学术论文:
(1)Chenglong Sun#, Anqiang Wang#, Yanhe Zhou#, Panpan Chen, Xiangyi Wang, Jianpeng Huang, Jiamin Gao, Xiao Wang, Liebo Shu, Jiawei Lu, Wentao Dai*, Zhaode Bu*, Jiafu Ji*, Jiuming He*. Spatially resolved multi-omics highlights cell-specific metabolic remodeling and interactions in gastric cancer. Nat Commun 14, 2692 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-38360-5.
(2)Yuzhang Xie#, Qingqing Sang#, Qian Da#, Guoshuai Niu , Shijie Deng, Haoran Feng , Yunqin Chen , Yuan-Yuan Li, Bingya Liu*, Yang Yang*, Wentao Dai*. Improving diagnosis and outcome prediction of gastric cancer via multimodal learning using whole slide pathological images and gene expression. Artif Intell Med. 2024 Apr 17;152:102871. doi: 10.1016/j.artmed.2024.102871.
(3)Qian Wu#, Yuanyuan Huang#, Xiangya Kong#, Ben Jia, Xiaoting Lu, Yunqin Chen, Zechi Huang*, Yuan-Yuan Li*, Wentao Dai*. DBLiPro: A Database for Lipids and Proteins in Human Lipid Metabolism. Phenomics. 2023 May 16;3(4):350-359. doi: 10.1007/s43657-023-00099-w.
(4)Quanxue Li#, Wentao Dai#, Jixiang Liu, Qingqing Sang, Yi-Xue Li*, Yuan-Yuan Li*. DysRegSig: an R package for identifying gene dysregulations and building explanatory signatures in cancer. Bioinformatics. 2021 Apr 20;37(3):429-430. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa688.
(5)Beiqin Yu#, Wentao Dai#, Li Pang, Qingqing Sang, Fangyuan Li, Junxian Yu, Haoran Feng, Jianfang Li, Junyi Hou, Chao Yan, Liping Su, Zhenggang Zhu, Yuan-Yuan Li*, Bingya Liu*. The dynamic alteration of transcriptional regulation by crucial TFs during tumorigenesis of gastric cancer. Molecular Medicine. 2022 Apr 14;28(1):41. doi: 10.1186/s10020-022-00468-7.
知识产权:
(1) 戴文韬,李园园,刘继翔,刘伟. 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用.发明专利号:ZL202010470684.7.
(2) 李园园,戴文韬,刘继翔,刘伟. 基于高通量测序数据和临床表型构建的泛肿瘤靶向药敏感性状态评估模型的方法及应用. 发明专利号:ZL202010469448.3.
(3) 人类脂质代谢相关脂类和蛋白数据库系统软件DBLiPro(2023SR1372538)
(4) 基于结构的蛋白质相互作用界面预测软件SPR(2021SR0036861)
(5) 肿瘤相关基因功能预测及其分析平台TGPred(2020SR1263654)