研究所从1990年代初开始招收研究生并建立“复旦大学研究生分会”。研究所现有8名研究员获得复旦大学博士研究生指导教师资格、11名研究员和副研究员获得复旦大学硕士研究生指导教师资格，博/硕士点分别隶属于复旦大学公共卫生学院、复旦大学基础医学院、复旦大学药学院，专业包括：流行病与卫生统计学、遗传学、生物化学与分子生物学、分子医学、妇产科学、药物化学、药理学、毒理学、动物学等。
        在研究生培养过程中上海计生所充分发挥专业科研机构的优势，包括努力使研究生参与更多的科研项目、参加不同的学术活动、发表高水平的科研论文等，用以提高研究生的综合素质和科研能力。每年度，除复旦大学研究生奖学金外，研究所还专门设立研究所奖学金，更多地奖励工作出色的研究生。
        研究所毗邻复旦大学上海医学院，因此研究生的学习和生活十分方便。多年来，由于本所研究生整体质量较高，毕业生的就业情况也令人满意，除了出国或攻读更高一级学位的毕业生外，其他学生全部就业，就业方向主要以政府部门、高等院校、科研院所为主。