一、概况
       感染与免疫研究所成立于2021年12月，是上海生研院为开展生物安全技术研究及疾病的免疫干预技术研究而设立的新所。
       研究所整合了原上海市计划生育科学研究所、上海生物信息技术研究中心从事微生物学、基因组学、医学大数据挖掘和检测技术研发的团队；下设微生物组与健康研究室、免疫信息学研究室。
       研究所现有各级在编科研人员12名，分属2个研究组。具体为郑华军研究员负责的医用食品研究组，李园园研究员负责的组学研究与应用研究组。
       目前研究所有复旦大学研究生导师3名（李园园研究员、郑华军研究员、戴文韬副研究员）。

二、主要研究方向
       感染与免疫研究所定位于开展与感染性疾病相关的应用基础研究，聚焦于病原与宿主相互作用机制研究，以及感染性病原的检测、预防、治疗，从全方位帮助解决疾病的控制问题。
       主要研究方向包括人体微生物组与健康的关系研究，致病微生物的检测技术开发，合成生物学与基因治疗，益生菌和特殊医用用途配方食品研发，跨尺度多组学数据整合挖掘驱动的感染与免疫相关疾病机制解释性标志物识别、预测模型构建、候选药物靶标发现，以及公益性的生物医学信息和生物大数据管理、汇交、共享、生物医学数据库建设等。

三、科研队伍
       研究所所长：王涤松
       研究所副所长：郑华军
       PI：郑华军、李园园
       高级科研人员：戴文韬、刘婀娜
       中级科研人员：陆晓婷、顾婷婷、叶露祎、戴秋勉
       初级科技人员：郭敏、许愈、孔洁

四、联系方式
       联系人：戴秋勉
       电话：021-64838399
       邮箱：qmdai2020@163.com

五、研究所组成
（一）微生物组与健康研究室
1. 概况
       研究室主要研究人体微生物组与疾病和健康的关系，开发基于人体微生物组的疾病诊断、干预产品，包括益生菌、特殊医学用途配方食品等。
2. 医用食品研究组
（1）概况
       研究组成立于2011年，是原上海市计划生育科学研究所医用食品组，主要从事肠道菌群和疾病的关系研究，以及基于微生物组的疾病干预研究，包括益生菌、氨基酸、短肽及药食同源植物的功效研究，开发特殊医学用途配方食品。
       研究组承担多项国家和部委级课题，包括“十四五”国家重点研发计划课题、国家自然科学基金、上海市卫生健康委员会项目等，发表SCI论文30余篇，组内人员先后获“上海市青年科技启明星”，“上海市人才发展基金”， “上海市青年科技英才扬帆计划”，“上海市超级博士后”等人才项目资助。
（2）主要研究成果
       研究组解析了中国不同年龄健康人群的肠道菌群结构特征，以及湿疹患儿、自闭症患者的肠道菌群结构特征，发现与炎症相关的细菌（如普拉梭菌、活泼瘤胃球菌）在湿疹婴儿肠道中富集，而脆弱拟杆菌，唾液链球菌等具有抗炎特性的细菌在湿疹婴儿肠道中较贫乏。鉴定了自闭症患儿肠道内可能与自闭症行为相关的11种细菌和2种真菌，尤其是可合成支链氨基酸的菌种，如普通拟杆菌和普雷沃氏菌在自闭症患儿的肠道中显著增加；而有益菌，如脆弱拟杆菌和嗜粘蛋白-艾克曼菌的相对丰度显著减少。
       构建了基于孕期化合物暴露的子代小鼠自闭症模型和行为学检测平台，证实植物乳杆菌ST-III对自闭症具有改善效果；构建了基于细胞培养的“微生物-肠-脑轴”作用机制研究平台，证实嗜粘蛋白-艾克曼菌通过脑-肠轴，显著抑制神经小胶质细胞分泌自闭症相关神经炎症因子。这些发现为基于肠道菌群的自闭症患者干预打下了基础。
       阐明了脓毒症患者继发性血流感染和腹腔感染中病原菌的来源及潜在感染机制，发现脓毒症病人抗生素治疗后，肠道菌群失衡会导致肺炎克雷伯氏菌等在肠道内显著富集，随后进入血液和肺部，引起院内继发感染，证实脓毒症患者二次感染的病原菌来自于肠道菌群移位；提示可以把肠道菌群作为检测和干预靶点，以提前诊断和预防院内继发感染的发生。
（3）研究组人员组成结构
       PI：郑华军研究员
       高级研究人员：1名（刘婀娜）（兼职人员：纪再思）
       中级研究人员：2名（叶露祎、戴秋勉）
       初级研究人员：3名（郭敏、许愈、孔洁）
       在站博士后： 1名
       硕士研究生： 3名

（二）免疫信息学研究室
1. 概况
       研究室主要利用生物信息学方法，融合微生物学、细胞学等实验技术，从事生物医学大数据挖掘技术开发和数据平台构建，生物标志物、药物靶标、新型诊疗方案和检测技术研发。
2. 组学研究与应用研究组
（1）概况
       研究组成立于2005年，是原上海生物信息技术研究中心系统生物学课题组。研究组致力于发展以识别驱动因素及其信息传递、交互机制为目的的数据整合挖掘方法，开展机制解释性生物标志物识别、疾病机制探索、检测技术及诊疗方案研发。
       研究组承担多项国家和部委级课题，包括科技部973、863、国家重点研发计划、国家自然科学基金、上海市科委重大基础等，发表SCI论文百余篇，组内人员先后获 “上海市青年科技启明星”、“上海市青年科技英才扬帆计划”、“国务院政府特殊津贴专家”等荣誉或人才项目资助。
（2）主要研究成果
       主持国家自然科学基金面上项目4项、青年项目6项，973课题1项、863课题1项、科技部传染病重大专项1项、科技部国际合作项目一项、上海市科委重大项目2项、上海市科委人才项目科技启明星1项、扬帆计划1项。在PLoS Computational Biology、Bioinformatics、Molecular Systems Biology、Cancer Research等SCI期刊上发表论文103篇，其中通讯作者47篇。获软件著作权19项。获中国发明专利授权60项。
（3）研究组人员组成结构
       PI：李园园
       高级研究人员：1名（戴文韬）（兼职人员：吴谦，陈运琴，陆长德）
       中级研究人员：2名(陆晓婷、顾婷婷)